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basics et liens utiles sur la PCR, RT, et les techniques qui viennent avec...

PCR, polymerase chain reaction voir ici Bref, PCR peut etre realisee sur de l ADN genomique ou complementaire. L ADN complementaire correspond a la copie de l ARN. On l obtient par reverse transcription.

l ADN genomique est double brin, l un oriente 5'-3', l autre 3'-5' 3' - 5' est par definition le brin codant, qui va servir a creer le brin d ADN, c est la transcription.

L autre brin, 5' - 3' est le brin non codant, on l utilise pour decrire la sequence du gene. Sa sequence est identique a la sequence de l ARN, a la difference des T et U.

petite demo toute simple de RT PCR principe de la PCR Le point critique dans les reaction de RT, PCR et RACE PCR (random amplification of cDNA ends), c est le design de primers, qui doivent obligatoirement respecter les orientation 5'3' des brins d ADN concernes. Bref les polymerase travaillent de 5' en 3', c est a dire que les bases A, T, C, G sont ajoute petit a petit du cote 3'.
Lors de la RT PCR la reverse transcriptase traduit l ARN en ADNc de facon identique de 5' en 3'

Le design de primers devra donc prendre en compte tout ca. Le primer utilise dans la RT PCR peut etre le meme que le primer retour utilise dans la PCR.

PCR links basics, optimisation...A VOIR A Voir

La RACE PCR suit le meme principe generale, mais la on travail uniquement sur cDNA, dont on veut recuperer la totalite. Le principe est simple, on a l ADNc dont on veut le debut et la fin, il faut donc installer des regions speciales (anchor regions) en 5' et 3' afin de realiser une PCR qui nous donnera toute la sequence. Invitrogen produit un kit "revolutionaire" Generacer que j arrive toujours pas a faire marcher...

Quand aux techniques antisens, on en a parler dans une discussion avec zeemzoom.

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