y en a marre: Le fond de l'eprouvette
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La question a trois francs du jour

Parce que finalement on s'ecarte un peu trop de ce qui compte vraiment: mon graal.
Suite aux meetings merdiques des semaines precedentes, j'avais decide d'enfaire un peu plus [c'est a dire passer a la semaine de 65 heures, la seule qui apparemment soir vraiment efficace]. Du coup, j'ai PCRe tous mes candidat, cDNA comme gDNA, je me suis dit que ca serait joli d'avoir tous les alignements, une fois que la these serait ecrite, et que j'en tournerais les pages avec le regard un peu humide...
Bref, je me suis dis," ca serait vachement bien quand meme de voir si il y a un consensus special pour les intron/exon boundaries" [La question que n'importe qui se pose un peu tous les jours en meme temps...]

La je me suis dit, merde, en trois ans, j'ai fait que de la Race PCr, mais j'ai jamais vraiment essaye de faire un bon vieux sequencage de tous les genes, histoire d'avoir de bonnes sequences solides. Du coup je m'y suis mise.

Du coup, en contiguant tout ca hier, je me suis rendue compte que mon gene fetiche est en fait un sale pseudogene de meeeeerde, avec un in frame codon qui disable son joli petit reading frame.

# ~Paf~#, mon monde s'ecroule, mes delires de cultures d'insect cells, d'extractions de lipides et d'analyses fonctionnelles tombent en morceaux. Je me dit que c'est con quand meme, que le gene fetiche aie ete eteind par cette salete d'organisme, qui en plus a trouve le moyen de transcrire le pseudogene, pour me conforter un peu plus dans l'illusion de toucher le graal du bout des doigts. Saloperie.

Une douzaine de research papers plus tard, je me dis que peut etre sur un malentendu... peut etre que le gene fetiche est la, tapis dans l'ombre encore actif, que ca vaut le coup de chercher l'homologue, et que si il est pas la, il est peut etre chez d'autre souches de l'organisme, a savoir pathogenus saligotus A et pathogenus saligotus B...

La, ma bonne petite voie interne [ca fait un peu psychopathe schizo, mais c'est pas grave] me souffle: "aaahhh la bonne idee, voir si l'in-frame stop est conserve chez d'autres isolate, ca va permettre de voir au niveau evolutionnel ce qui se passe, et ca va faire joli come tout dans les resultats, en plus peut etre que ca permettra de recuperer gene fetiche en route...."
Sur ce, je ricane et ricane a ma propre bonne idee, mais la, ma mauvaise petite voie, la feignasse, me souffle "Aller, ca t'arrange bien... pseudogene veut dire pas d'analyse fonctionnelle, toujours ca en moins a faire, tu auras de toute facon bien assez a discuter, pas la peine de te prendre la tete avec les autres souche, c'est une perte de temps,...."

Bref, franchement est ce que ca vaut vraiment la peine d'investiguer plus en avant sur un pseudogene... ? La j'ai la flemme, franchement....


# mimile, le Mardi 14 Décembre 2004, 11:20 dans "bienvenue sur l ile maudite".
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