y en a marre: Le fond de l'eprouvette
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Chroniques de paillasse.1.

La premiere d une serie de chroniques, pour que ces instants merveilleux passes aupres de restent graves quelque part, si ce n est dans ma memoire.

Aujourd'hui RT-PCR

Technique toute con qui consiste a creer un brin d ADN a partir d un brin d ARN, et ensuite amplifier une partie du bout d ADN avec les primers.
La premiere fois que j ai approche la methode, je me suis dit que ca serait une bonne idee d aller chercher le savoir et la science infuse du post-doc implique dans mon projet. Apres tout, 3 ans de these, 5 ans de post-doc, ca forge. Donc me voila partie avec mes bouts de sequences et mes protocols. Bien gentillement, mais style overbooke, il m indique la marche a suivre, et me demande de le laisser designer les primers, vu qu il a de l experience et tout et tout, et que moi j en ai pas.
Ce qui est fait. Les primers sont livres, et je lance la reaction, qui ne marche pas, pas pas....

Il me conseil de persister, Je persiste, change les conditions. Rien. Le doute s installe et je cherche dans les bouquins, observe les sequences. Pour obtenir un ADNc depuis l ARN, il faut un reverse primer (5'-3'). Lui il pensait que c etait le contraire, vu que RT ca veut dire Reverse Transcription, donc a l envers de la PCR, 3'-5' quoi.

Ce jour la, il y a 2 ans sous peu, j ai arrete de le croire,.


# mimile, le Lundi 20 Octobre 2003, 14:04 dans "bienvenue sur l ile maudite".
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Commentaires:


Ecrit par OuinOuin le Lundi 20 Octobre 2003, 14:16

Moualala... la grossière erreur. La pov'tache.

C'était il y a deux ans c'est çà? Il avait laissé son cerveau de coté je suppose. Il a du le perdre depuis.

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Ecrit par isa-zou le Mercredi 22 Octobre 2003, 20:26

Question sur le design des primers: es tu de plutot de l'ecole faut que ca colle bien en 3' ou au contraire faut que ca colle en 5'?

C'est quoi ton soft pour le design? Oligo6?

Sinon courage pour la PCR, c beau la théorie mais quand ca coince en pratique la on se marre moins.

- isa dans le meme genre de galère -

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Re:
Ecrit par mimile le Jeudi 23 Octobre 2003, 09:47

moi c est plutot en 3'! et mon software c est ma main mon crayon et ma calculatrice! jusqu a la ca a marche a peu pres!

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PCR... Aïe Aïe !!!
Ecrit par eowyn le Jeudi 23 Octobre 2003, 12:46

Hum Hum... J'ai un peu honte ! J'ai commandé des oligos PCR il y a 15 jours et je viens de les tester cette semaine... Pour me rendre compte qu'ils n'amplifient rien !!! Pffffffff... Après vérification... Je me suis trompée de sens en les choisissant... Erreur de débutant, sauf que je ne le suis plus ! Je devais avoir bu, comprends pas ce qui m'est arrivée... Suis-je en train de me transformer en "La larve" ??? J'AI PEUR ! RASSUREZ-MOI, dites-moi que ça peut arriver à tout le monde et que l'important c'est de s'en apercevoir très vite !

Pour le design, sinon, je fais comme toi Mimile... "calculatrice et crayon", d'habitude ça suffit quand j'ai toute ma tête ! Et pareil, je favorise "l'accroche" du côté 3'

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Mea Culpa
Ecrit par mimile le Jeudi 23 Octobre 2003, 13:26

Bon aller, je te rassure: une ultime RACE PCR pour avoir tout mon gene, un design malheureux, que dalle sur le gel sauf une bande. Je persiste, je signe, je clone, je sequence, juste pour m apercevoir que le truc en question est non specific, et qu'en faisant le design, je me suis moi aussi plantee dans l orientation. J avais du boire moi aussi ce jour la.... ARG!!!

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:c o
Ecrit par isa-zou le Vendredi 24 Octobre 2003, 20:19

Bah mince alors

apparement mimile bosse dans le vegetal...bossant chez le rat/souris je ne sais pas ce qui existe en bases de données génomiques......je suis si ignorante que je me pose la question: y a t-il des exons et introns dans un ARN de végétal?

Mais tout de meme, oligo 4 (qui je crois est freeware) ca aide pour les amorces !!! ca calcule les Tm tout seuls, donne les energies libres de duplex, y a qu'a choisir parmis les paires proposées...

En ce moment au labo tout le monde fait et test des amorces, ca donne de droles de resultats des fois

 

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Re: :c o
Ecrit par mimile le Samedi 25 Octobre 2003, 13:39

Oui pour les exons et les introns!

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Je sers la science et c'est ma joie !!!
Ecrit par eowyn le Mardi 28 Octobre 2003, 13:30

Ben oui... Y a pas tant de différences que ça entre un rat et une carotte ! INCROYABLE MAIS VRAI ! Moi, je bossai sur le xénope (grenouille d'Afrique du Sud) et maintenant, je suis sur la truite (de Schubert !!!).

Comme dit l'apprenti dann la BD "Léonard" : "Je sers la science et c'est ma joie, snif !".

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